影響超臨界流體萃取效果的因素主要有：(1)萃取條件，包括壓力、溫度、時間、溶劑及流量等；(2)原料的性質，如顆粒大小、水分含量、細胞破裂及組分的極性等。
⑴萃取壓力的影響
萃取過程中，SF密度的變化直接影響萃取效果。萃取壓力是影響SF密度的重要參數。壓力的變化能顯著提高SF溶解物質的能力。根據萃取壓力的變化，可將SFE分為3類：(1)高壓區的全萃取。高壓時，SF的溶解能力強，可最大限度地溶解所有成分；(2)低壓臨界區的萃取，僅能提取易溶解的成分，或除去有害成分；(3)中壓區的選擇萃取，在高低壓之間，可根據物料萃取的要求，選擇適宜的壓力進行有效萃取。當壓力增加到一定程度后，則溶解增加緩慢，這是由于高壓下超臨界相密度隨壓力變化緩慢所致。另外，壓力對萃取效果的影響還與溶質的性質有關。
⑵溫度的影響
溫度對萃取效果的影響較為復雜。可以從兩個方面來考慮：一方面，在一定壓力下，升高溫度；由于升高溫度作為萃取劑CO2的分子間距增大，分子間作用力減小，密度降低，溶解能力相應下降。另一方面，在一定壓力下，升高溫度被萃取物的揮發性增強，分子的熱運動加快，分子間締和的機會增加，從而使溶解能力增大。因此，溫度對超臨界萃取率的影響應綜合這兩個因素來考慮。：升高溫度，分子的熱運動加快，分子的締和的機會增加，從而使溶解度的增加起了一定的主導作用。在實際生產中，超臨界CO2萃取的溫度控制為大于臨界溫度，但不宜太高，一般為31.5℃～85℃ 是合適操作溫度。
⑶萃取劑流量、萃取時間的影響
在超臨界流體萃取過程中，萃取劑流量一定時，萃取時間越長，收率越高。萃取剛開始時，由于溶劑與溶質未達到良好接觸，收率較低。隨著萃取時間的加長，傳質達到某種程度，則萃取速率增大，直到達到最大之后，由于待分離組分的減少，傳質動力降低而使萃取速率降低。萃取劑的流量主要影響萃取時間。一般來說，收率一定時，流量越大，溶劑、溶質問的傳熱阻力越小，則萃取的速度越快，所需要的萃取時間越短，但萃取回收負荷大，從經濟上考慮應選擇適宜的萃取時間和流量。
⑷物料性質的影響
物料的粒度影響萃取效果，一般情況下，粒度越小，擴散時間越短，有利于SF向物料內部遷移，增加了傳質效果，但物料粉碎過細會增加表面流動阻力，反而不利于萃取。對于多孔的疏松物料，粒度對萃取率影響較小，菌體脂肪存在于細胞內，萃取脂肪時，應考慮使細胞破壁。水分是影響萃取效率的重要因素。物料中含水量較高時，其水分主要以單分子水膜形式在親水性大分子界面形成連續系統，從而增加了超臨界相流動的阻力，當繼續增加水分時，多余的水分子主要以游離態存在，對萃取不產生明顯的影響。而當含水量較低時，水分子主要以非連續的單分子層形式存在。可見，破壞傳質界面的連續水膜，使溶質與溶劑之間進行有效的接觸，形成連續的主體傳質體系就可減小水分的影響。超臨界流體的極性是影響萃取速率的又一因素。在弱極性的溶劑中，強極性物質的溶解度遠小于非極性物質，可萃取性隨極性增加而降低，如超臨界CO2是一種非極性溶劑，因此，它非常適用于弱極性物質的萃取。通過使用不同的夾帶劑來改變COz的極性，使萃取范圍擴大，可萃取極性較強的物質。
